Saat ini Pesantren “At-Taqwa” Muhammadiyah Kranji mengelola beberapa lembaga pendidikan formal maupun non formal yaitu :

1.  TK ABA                                                                

2.  Madrasah Ibtida’iyah Muhamaadiyah 09          (MIM09)   

3.  Madrasah Tsanawiyah Muhammadiyah 17       (MTsM 17)   

4.  Sekolah Menengah Kejuruan Muhammadiyah 09    (SMKM 09)

5.  Taman Pendidikan Al-qur’an                               (TPA)

6.  Pendidikan Anak Usia Dini                                  (PAUD)

7.  Diniyah Awwaliyah dan tahfidzul Qur’an         (MADIN AWALIYAH)

8.  Diniyah Wustho dan tahfidzul Qur’an               (MADIN WUSTHO)

9.  Madrasah Aliyah Muhammadiyah Tahfidzul Qur’an (MAM-TAQ)