Tahun 1954, hadir seorang ustadz bernama pak guru Halimi, guru agama Sekolah Rakyat (SR) di Kranji. atas inisiatif beliau dan didukung oleh tokoh masyarakat diselenggarakan Madrasah Diniyah malam hari yang menempati rumah kosong salah seorang penduduk.
Tahun 1963, Madrasah Diniyah berkembang menjadi Madrasah Ibtidaiyyah Muhammdiyah yang dikepalai oleh Pak Guru Halimi, tempat belajarnya pindah ke rumah salah seorang pengurus yaitu bapak H. Mas’ud yang pada gilirannya para pengurus inilah yang mempelopori gerakan Muhammadiyah di desa Kranji Kecamatan Paciran Lamongan.
Para beliau adalah Bpk. H. Mas’ud (almarhum), Bpk. Sofyan (almarhum), Bpk. Abbas, Bpk. H. Shofwan (almarhum), Bpk. M. Anwar, Bpk. Abdullah Ubaid, Bpk. Nur Huda (almarhum).
Dari para pengurus inilah dana operasional kegiatan sekolah diselenggarakan. Sementara pelaksanaan kegiatan KBM pada siang hari pukul 13.30 – 17.00 WIB. Disamping sebagai tempat belajar murid madrasah ini digunakan pula sebagai tempat pengajian agama pada malam hari bagi warga Muhammadiyah Kranji dan masyarakat sekitarnya.
Tahun 1968, didirikan TK Aisyiyah Bustanul Athfal, yang dikepalai oleh ibu Maryam.
Tahun 1970, bapak Nur Huda mewakafkan sebidang tanahnya kepada pengurus untuk ditempati sekolah, sehingga berpindahlah sekolah dari rumah pinjam ke milik sendiri di tengah-tengah desa.
Tahun 1982, regenerasi pengurus diselenggarakan untuk melanjutkan para pendahulu yakni melestarikan dan mengembangkan perguruan Muhammadiyah di Kranji, pada tahun itu pula terbentuk pengurus yang di beri nama pengurus PERGUM (Pengurus Perguruan Muhammadiyah) yang berkedudukan di ranting Kranji terdiri dari : Anshori Mas’ud, Yasa’ Sulaiman, M. Haziem Shofwan, Abdullah Ubaid, Hasan Nawawi.
Alhamdulillah, Allah memberi semangat baru pada pengurus baru yang merupakan generasi kedua dari para pendahulu mereka. Kepercayaan dari masyarakatpun semakin bagus sehingga dana rutin pendidikan di perguruan Muhammadiyah Kranji 50 % di dapat dari donator lewat usaha para pengurus ini. Pendanaan tersebut berlangsung sampai adanya bantuan opeasional sekolah (BOS) poda tahun 2005.
Tahun 1987, berdiri MTs Muhammadiyah Kranji, sebagai kepala sekolah pertama adalah Bpk. Jayusman, BA dan Drs. Sarmuji sebagai wakilnya.
Tahun 1994, Ibu Hj. Nur Jannah yang berasal dari desa Wadeng Kab. Gresik mewakafkan tanah seluas 29.100 m2. yang pada gilirannya didirikan lembaga pendidikan pondok pesantren Muhammadiyah sebagaimana amanat waqifah.
Tahun 1996, pengurus PERGUM menerima wakaf dari Bpk. H. Farhan yang dibeli dari keluarga Bpk. Shofyan yaitu sebidang tanah yang berada di depan Madrasah yang selama ini berstatus tanah pinjaman.
Tahun 2001, berdiri SMK Muhammadiyah sebagai kepala sekolah pertama Drs. Afan Zaini, MM.
Sekitar pertengahan bulan Nopember 2006 yang lalu menjadi tonggak sejarah berdirinya Pondok Pesantren Muhammadiyah Kranji yaitu mulai dibangunnya satu per satu bangunan Pondok Pesantren “At-Taqwa” Muhammadiyah dari mulai masjid yang berukuran 20x20 meter persegi (setengah jadi), berdiri asrama putra 3 (tiga) lokal, berdiri asrama putri 3 (tiga) lokal, perumahan pembina, dapur umum dan fasilitas olah raga yang sangat luas.
Tanggal 19 Juli 2007 yang lalu secara resmi Pondok Pesantren “At-Taqwa” Muhammadiyah Kranji telah difungsikan sebagaimana mestinya pondok pesantren yang di buka secara simbolis oleh Ketua Dewan Da’wah Islamiyah (DDII) Jawa Timur. Santri perdana pa/pi ada 23 (dua puluh tiga) anak dengan pendidikan formal MTs Muhammadiyah 17 dan Sekolah Menengah Kejuruan Muhammadiyah 09 Kranji, dipimpin oleh KH. Hasan Nawawi yang dibantu oleh beberapa Ustadz yang 24 jam bertugas membina, membimbing dan mengontrol para santri.
Maka kemudian cakupan lembaga pendidikan di ranting Muhammadiyah Kranji menjadi lebih luas, dan Visi-Misi lebih dipertajam dalam rangka Amr Ma’ruf Nahi Munkar yang diemban Muhammadiyah.
Pengurus PERGUM beralih nama menjadi MAJLIS RIASAH PONDOK PESANTREN AT-TAQWA MUHAMMADIYAH yang terdri dari: KH. Hasan Nawawi, H. Anshori Mas’ud, H. Yasa’ Sulaiman, H. Abdullah Ubaid dan Drs. Sarmuji, SH. Majelis Riasah inilah yang memegang kebijakan umum bagi seluruh lembaga pendidikan yang berada dalam naungan pondok pesantren yang akan datang.
Saat ini Pesantren “At-Taqwa” Muhammadiyah Kranji mengelola beberapa lembaga pendidikan formal maupun non formal yaitu :
1. TK ABA
2. Madrasah Ibtida’iyah Muhamaadiyah 09 (MIM09)
3. Madrasah Tsanawiyah Muhammadiyah 17 (MTsM 17)
4. Sekolah Menengah Kejuruan Muhammadiyah 09 (SMKM 09)
5. Taman Pendidikan Al-qur’an (TPA)
6. Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD)
7. Diniyah Awwaliyah dan tahfidzul Qur’an (MADIN AWALIYAH)
8. Diniyah Wustho dan tahfidzul Qur’an (MADIN WUSTHO)
9. Madrasah Aliyah Muhammadiyah Tahfidzul Qur’an (MAM-TAQ)
Demikian sejarah singkat berdirinya PP. At-Taqwa Muhammadiyah dengan harapan semoga Allah AWT memberikan kemudahan bagi kita semuanya dalam menegakkan Dakwah Islamiyah. Amien.